O Conselho de Administração é um órgão de deliberação colegiada, responsável pela orientação geral dos negócios da Boa Safra, incluindo a estratégia de longo prazo. É responsável, também, pela eleição dos diretores da companhia e a fiscalização da respectiva gestão. As decisões do Conselho de Administração são tomadas pelo voto favorável da maioria dos seus membros presentes nas respectivas reuniões.

O Conselho de Administração da Boa Safra realizará reuniões ordinárias 4 vezes por ano, ao final de cada trimestre, e extraordinárias sempre que os interesses sociais o exigirem, mediante convocação de seu (sua) presidente.

O Estatuto Social estabelece que o Conselho de Administração da Boa Safra é composto por, no mínimo, 3 e, no máximo, 11 membros, todos com mandato unificado de 2 anos, sendo permitida a reeleição. No mínimo, 2, ou 20%, o que for maior, deverão ser conselheiros independentes, conforme definição do Regulamento do Novo Mercado.

Compete a este órgão da administração cumprir e monitorar as orientações estratégicas definidas pelo Conselho de Administração, estabelecer diretrizes para as atividades operacionais, socioeconômicas e de sustentabilidade, além de praticar, dentro de suas atribuições específicas, todos os atos necessários ao bom funcionamento da companhia.

O Comitê de Auditoria da Boa Safra é um órgão de assessoramento vinculado ao Conselho de Administração, atuando com independência em relação à Diretoria. Os objetivos do Comitê de Auditoria são supervisionar a qualidade e integridade dos relatórios financeiros, a aderência às normas legais, estatutárias e regulatórias, a adequação dos processos relativos à gestão de riscos e as atividades dos auditores independentes.